فتعقّبهم طغج بعساكره وقاتل أبا القاسم القرمطي حتى قتله. فلمّا قُتل القرمطي انسحب المصريون ، فلمّا علم القرامطة بذلك بايعوا أبا الحسن أخا أبي القاسم وعاوَدوا حصار دمشق!

وفي أواسط رجب انسحب القرامطة من حصار دمشق إلى حمص فأقاموا عليها ، وتوجّه جمع منهم إلى بعلبك حتى أبادوا أهلها!

وتوجّه إليهم من بغداد خليفة السلمي بجنوده حتى نزل بظهر بلدة حلب ، فوجّه القرمطي إليه سريّة منهم فالتقوا في عاشر شهر رمضان سنة (٢٩٠ ه‍) فأتى القرامطة على أكثر من كان مع خليفة! ثمّ اجتاحت القرامطة ما بين حلب وحمص وأنطاكية.

وفي المحرم سنة (٢٩١ ه‍) نهض إليهم المكتفي من بغداد وأنهض معه الجيوش إلى نواحي البرّ من شيزر ، فالتقى بهم وقتل منهم خلقاً وأسر منهم جمعاً كثيراً واستقر بالرّقة. وتحزّب من بقي من القرامطة ، فاختفى عنهم أبو الحسن القرمطي بأربعة معه إلى العراق مارّاً بالدالية من نواحي الرحبة ، فقبض عليهم عاملها وحملهم إلى المكتفي بالرّقة في أواخر المحرّم سنة (٢٩١ ه‍) فرحل بهم المكتفي إلى بغداد فدخلها ظافراً لأول ربيع الأول عام (٢٩١ ه‍).

وقام بين الباقين من القرامطة من قبائل بني كلاب بالأُردن أبو غانم القرمطي لأوائل عام (٢٩٣ ه‍) وكثر أتباعه منهم وقوى أمره ، فصار بهم إلى أذرُعات فبُصرى فالثنيّة وقتل وسبى ، وصار إلى طبريّة فقاتل جندها وقتل كثيراً منهم حتى قتل أميرها جعفر بن ناعم وكثيراً من عوام الناس ثمّ صار إلى الموضع المعروف بخندق من أعمال دمشق ، وقد أمر المكتفي الحسين بن حمدان التغلبي بمقابلته ، فلقيه بها ، فانكشف القرمطي منهزماً في البريّة ، وذلك في شعبان من سنة (٢٩٣ ه‍).